新疆医科大学第五附属医院神经内科专业始建于1970年，现有床位70张，神经重症监护床位10张。2013年经审批为新疆首批神经内科住院医师规范化培训专科基地，自治区神经内科重点专科，国家神经系统疾病临床研究中心首都医科大学附属北京天坛医院神经系统疾病专科联盟成员单位。

天坛神经介入联盟成员单位，中国帕金森联盟成员单位，2014年获中国卒中学会授予科室“卒中中心”，2015年获中国卒中学会授予科室“红手环志愿单位”，2015年成为卫计委脑防办脑卒中筛查防治项目医院，2017年获中国卒中学会授予神经内科“综合卒中中心”，2017年、2018年连续两年获优秀数据管理卒中中心称号，2018中国急性期卒中医疗质量改进项目--急性缺血性卒中再灌注治疗医疗质量改进项目IMPROVE项目医院。

2019年国家卫健委脑防办授予国家高级卒中中心，国家耳鼻咽喉（眩晕）疾病临床医学研究中心成员单位，集医、教、研全面发展、以医疗工作为基础，以科研工作带动和促进医疗工作、同时担负起培养医学人才的使命。医疗队伍，90%为硕士及以上学位，中、高级职称10名。技师5名，均为中级职称。护士30名，中级、高级职称6名。

疾病种类包括：脑血管病、认知功能障碍和痴呆、帕金森病及运动障碍性疾病、癫痫、中枢神经系统感染、中枢神经系统脱髓鞘病、运动神经元病、眩晕、睡眠障碍性疾病、重症肌无力、吉兰-巴雷综合征等周围神经病、肌肉疾病等。

主要围绕脑血管病的诊治、认知功能障碍及痴呆的临床诊治、眩晕病及神经重症诊治为重点亚专业建设。作为国家级高级卒中中心，脑血管病规范治疗，开展急性缺血性卒中患者静脉溶栓、支架取栓及抽吸技术，开展脑血管造影术、颈动脉、椎动脉、锁骨下动脉起始段及颅内动脉狭窄支架植入术，开展了脑血管慢性闭塞再通技术，有效的降低了脑梗塞致残率、死亡率及复发率，脑血管病综合诊治能力全国排名百名内，全疆名列前茅。

在疆内较早地成立了神经心理室，2009年开展了诱发电位P300技术，开展了记忆门诊。

开展了常规脑电图检查、睡眠脑电检测、动态脑电图、视频脑电长程监测、蝶骨电极脑电图，癫痫治疗专科化，常规开展肌电图、诱发电位、前庭功能检查、TCD、多导睡眠监测检查，周围神经、肌肉疾病及睡眠障碍疾病治疗专科化，开展眩晕专病门诊。近年来承担自治区级以上科研课题6项，大学科研创新基金5项。发表论文100余篇。