新疆医科大学第二附属医院耳鼻喉科系自治区内建立最早的耳鼻喉专科之一，经过50年的建设发展不仅开设了专科、专病、专家门诊，还有20张床位的专科病房，其中医师7名(主任医师2名，副主任医师2名，主治医师2名，住院医师4名。)，副主任技师1名，技师2名。

现有专科诊疗室及手术室、听力测听室、鼻内窥镜检查治疗室及纯音听阈仪、声阻抗仪、脑干诱发电位、耳声发射仪、耳钻、耳和鼻内窥镜、鼻咽喉手术动力系统、电子鼻咽喉镜、支撑喉镜及内窥镜数字图象显示系统等。

诊疗范围：能承担本专业各种常见病、多发病的诊疗工作，同时有一定的针对本专业领域内一些复杂疑难问题进行攻关及科研能力，其中有些项目的研究有所突破。

科室作为自治区卫生厅批准的“新疆耳聋防治及听力重建中心”在自治区率先开展了各种方法的鼓膜修补术，垂直、水平半喉切除术、全喉切除术等，反映了科室较强的技术实力。

科室作为医院的重点科室之一，所开展的鼻内窥镜诊断和治疗鼻腔、鼻窦疾病、开展的电子喉镜检查和治疗及鼾症的检查和治疗，显示了良好的前景。科室定期有内地知名专家来院进行专业讲座及手术指导。

耳外科：内植法修补鼓膜穿孔、闭式乳突手术加鼓膜式成形术，均达到了国内先进水平，居区内领先水平，分别获得自治区科技成果二等奖、三等奖。耳鼻喉科完成院内课题一项，医科大课题结题一项。

《保留悬雍垂的鄂咽成行术》获院“三新”项目鼓励奖，《慢性中耳炎的Ⅰ期鼓室成形术》获院“三新”项目三等奖，耳鼻喉科还承担着预防医学系、成教院、医士班、护理学院的教学任务和实习任务，发表在国家、省级刊物上的论文80余篇。