神经外科成立于2001年9月，前身骨神经外科。开展以脑外伤为主、脑肿瘤、脑血管疾病等神经系统疾病的诊治，并且负责全市260万人口颅脑外伤抢救及保障工作，周边西双版纳州，临沧，越南，老挝，缅甸，都有覆盖区域。

1993年医院购买CT后，开展了大量脑肿瘤手术。2001年9月成立独立的神经外科。神经外科成立时有病床30张，医生7人，护士11人，先后获得普洱市科技成果二等奖5项、三等奖2项、四等奖1项。

随着神经外科不断发展，医院购买了蔡司显微镜、美敦力电钻，目前开展手术垂体肿瘤经蝶手术、颅咽管肿瘤、脑室肿瘤、颅内动脉瘤夹闭手术、颅内动脉瘤介入手术等，并有独立的高压氧舱。2012年5月成立神经外科ICU，科室开展优质护理，以病人为中心的服务理念，科室加强基础理论知识学习，确保医疗安全性，现有病床50张，12名医生（主任医师3名、副主任医师4名、主治医师3名、医师2名），30名护士（主管护师4名、护师5名、护士21名）。

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