深圳市第三人民医院(南方科技大学第二附属医院)始建于1985年，是由深圳市政府举办的一所“强专科，大综合”的现代化三级甲等研究型医院。医院占地面积19.84万平方米，建筑面积22.3万平方米，编制床位2416张(含应急院区负压病床1008张)。现有员工2121人，其中中高级职称1331人，博士(后)166人，硕士515人，研究生导师90人，先后自主培养了两位深圳市卫生系统国家自然科学基金杰出青年基金学者和一位国家自然科学基金优秀青年基金学者。目前已建设成为粤港澳大湾区规模大、设备先进、功能完善的感染性疾病诊疗与研究中心，主要承担深圳和周边地区传染病与重大疫情的防控任务并开展综合医疗服务.

医院于2017年获得肝脏、肾脏移植“牌照”，2018年成为第二批广东省高水平医院建设单位，2019年获批国家感染性疾病临床医学研究中心(深圳市唯一、广东省第三家)，2020年成为中国医学科学院深圳传染性疾病诊疗研究中心，2023年获得肺脏、胰腺移植“牌照”。在2021年发布的《2020年度中国医院排行榜》中，医院首次进入全国百强医院榜单，这是深圳首家医院进入复旦版中国百强医院排行榜；结核病学科结核病专科进入复旦版《中国医院专科综合排行榜》第四名。

未来，深圳市第三人民医院将以“国际一流、世界领先”为目标，按照医疗水平国际化、环境设施现代化、医疗服务精细化、诊疗流程规范化、运营管理智慧化的标准，构建集医疗、教学、科研、预防以及预警预测为一体的国家感染性疾病临床医学研究中心和国家综合性区域医疗中心，形成“学科-人才-项目-平台-成果-产品”的一体化的创新发展模式。