陕西中医药大学第二附属医院消化内科为我院重点建设的中西医结合科室，秦都院区拥有国家名老中医1名，主任医师3名，副主任医师1名，研究生7名，引进电子胃镜、肠镜、十二指肠镜、超声内镜、结肠途径治疗仪、胃肠电图仪、C13幽门螺杆菌检测仪等先进设备，学术思想浓厚，技术力量先进。

现科室西咸、秦都两院区同时运行，集中西医之精华，擅长治疗消化系统急危重症如：

消化道大出血，肝硬化，肝性脑病，急重症胰腺炎，胃十二指肠溃疡，消化道息肉等；特别采用中药结肠途径灌肠配合西医治疗溃疡性结肠炎、肝硬化腹水、不全性肠梗阻、习惯性便秘、急性胰腺炎等。

科室拥有电子胃镜、肠镜、十二指肠镜、超声内镜、结肠途径治疗仪、胃肠动力检测仪、C13、C14幽门螺杆菌检测仪等先进设备，学术思想浓厚，技术力量先进。