华中科技大学协和深圳医院胃肠外科2008年6月1日成立，编制床位58张，医生16人，主任医师2人，副主任医师6人，主治医生5人，博士4人，硕士9人，护士20余人。每年住院病人3000余人，手术2000余台次，以胃肠外科为主体，以血管外科、疝与腹壁外科为特色，走专科化的发展道路。

胃肠外科团队常规开展腹腔镜下结直肠癌根治术、3D腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下贲门癌根治术、腹腔镜下直肠癌超低位保肛术、腔镜下胃底折叠加食管裂孔疝无张力修补术、腹腔镜结直肠癌经自然腔道手术（NOSES）、经腹经肛全直肠系膜切除术(TaTME).

疝与腹壁外科主诊医师团队能开展的巨大腹壁疝双圈固定术、造口旁疝修复术、腔镜下难复性疝及切口疝无张力修补术、TAPP、TEP术等术式均达到国内先进水平。常规开展腹股沟疝日间手术数量深圳领先。

血管外科主诊医师团队引进国际先进的下肢静脉曲张治疗设备，常规开展下肢静脉曲张射频，硬化等各种微创治疗技术;常规开展下肢深静脉血栓溶栓，吸栓治疗技术;常规开展腹主动脉及外周动脉疾病的介入治疗手术。

2017年6月深圳市三名工程普通外科团队与南京军区总医院黎介寿院士团队建立了院士工作站，成立了华南地区唯一的一个腹腔感染与肠瘘治疗中心，研究方向：肠瘘、腹部危重症、炎性肠病、加速康复外科、外科营养等。

科室愿景：瞄准微创外科外科最前沿，建粤港澳大湾区胃肠名科，力争建成研究型的外科，注重医教研的全面发展，承担广东医、深圳大学医学院、广州医等多所医学院的的本科临床教学与实习、全科医师规范化培训等，主持多项市级继教项目、国家级、省级多项科研课题，发表论着论文数十篇。