重庆市中医院病理科，始建于上世纪60年代，由原重庆市中医院、重庆市第一人民医院于2009年合并而成。

科室下设组织及细胞学诊断室、常规技术室、细胞学制片室、免疫组化室，常规及术中冰冻取材室，标本接收室等。

科室目前开展组织活检病理检查与诊断、疑难病理会诊、免疫组织化学检查、特殊染色检查、术中快速冰冻切片诊断、常规胸腹水细胞学检查与诊断、细针穿刺细胞学检查、液基薄层细胞学检查，HPVE6E7mRNA高危亚型分型检测及、荧光原位杂交（FISH）、普通PCR及实时定量PCR等分子病理学检测技术等业务。组织学年检量达17000余例，细胞学年检量达15000余例。

科室拥有Leica全自动组织脱水机，Leica1950术中冰冻切片机，Leica全自动免疫组化染色机、leica包埋机及切片机，奥林巴斯显微镜等各种先进设备。