重庆市中医院肾内科在江北区南桥寺院部、渝中区道门口院部均设有科室：
江北区南桥寺院部
重庆市中医院肾病科创建于上世纪60年代，2000年8月独立成科。科室门诊、病房、血透中心三位一体，设有郑新国医大师传承工作室1个，专科门诊4个（含慢性肾病营养管理门诊1个）；开设病房病床66张，配置有进口血液透析机67台、CRRT机3台及结肠水疗机、中药熏蒸治疗仪、HYJ炎症治疗仪、超声中频脉冲治疗仪等现代专科治疗设备。
专科优势：
团队优势：学科已具备较合理的人才结构和学术梯队，目前有医护人员77人，其中医师21人，其中高级职称8人，中级职称7人，博士后1名，博士4名，硕士8名；国医大师1名，重庆市首席科学家1名，首批重庆英才.创新领军人才1名，湖南中医药大学硕士导师2名，成都中医药大学硕士导师1名，重庆市中医高级人才1名。
特色优势：
团队传承“国医大师”郑新教授学术思想精粹，融合传统中医外治理论，创新性提出“内外相合治肾病”这个新的理论，形成了一系列以院内制剂蛭芎通络胶囊、十味肾毒清灌肠液、当归拈痛合剂、独活寄生合剂为代表的特色方药，和中药全结肠灌洗、直肠滴入、定向药透、药物浸浴为代表的特殊外治法，针对各种慢性肾脏病，尤其是急慢性肾炎、慢性肾衰竭、糖尿病肾病、IgA肾病、紫癜性肾炎、狼疮性肾炎等，疗效显著。
专科诊疗技术：
开展了肾衰灵液结肠透析、皮肤熏蒸排毒法、中药热腌包、穴位贴敷等12项中医特色诊疗技术，针对水肿、腰痛、蛋白尿、发热、失眠等症疗效显著；
常规开展肾穿刺活检术、临时及半永久深静脉置管术、动静脉内瘘吻合术、超声引导下经皮腔内血管成型术（PTA）
服务能力：2020年专科门诊病人达6万余人次，区域外住院患者比例达到11％以上；出院病人1500余人，血透次数41679人次。专科诊疗病种增加至20余种。
教学能力：现有湖南中医药大学及成都中医药大学硕士研究生导师2人，重庆市住院医师规范化培训师资14人，北京中医药大学、成都中医药大学、湖南中医药大学等兼职教师16人。近三年承担硕士研究生培养7人，住院医师规范化培养近300人次，本专科临床实习300余人次，区县、基层医师进修15人次，开展国家级继续教育项目6项、市级20余项。
科研能力：科室承担省部级课题10项，市局级科研项目8项，主持及参与国家自然科学基金2项。在核心期刊上发表文章70多篇，SCI文章4篇。获得重庆市中医药科技奖二等奖2项；2019年和2020年分别获得重庆市科技进步三等奖和中华中医药学会科技三等奖。
专家团队：科室多人在国内及市内学术团队中任职，在重庆及西南地区有较强的社会影响力。担任中华中医药学会肾病分会常务委员1人；中国民族医药学会肾病分会副会长1人、副秘书长1人；重庆市中医药学会肾病专委会主委单位、重庆市中医肾病专科联盟理事长单位等等。
渝中区道门口院部
重庆市中医院肾病风湿病科是我院国家临床中医重点专科，国家中医药管理局重点专科，巴渝肾脏病专科联盟成员单位，中国中医医院最佳研究型专科。
现有医护技人员30余人，其中具有高级职称5人，硕士10余人，2个独立门诊诊室、开展有急慢性肾病、痛风、风湿免疫病、男科病4个专病门诊。
住院部病区床位40余张，病房设施齐全，环境优雅，配置标准化血液净化中心，拥有独立中医特色治疗室，开展有电针针刺、针刺运动疗法、腕踝针、艾灸床、中药浴足、吴茱萸热奄包、中药结肠透析、芒硝外敷、针刺艾灸联合治疗尿频、动静脉内瘘中药外敷、血液透析滤过、血液灌流、免疫吸附、血浆置换、连续性肾脏替代治疗（CRRT）、肾穿刺活检术、深静脉穿刺置管术、动静脉内瘘吻合术、超声引导下瘘静脉球囊扩张成形术（PTA）及唇腺活检术等肾病、风湿病专科中西医特色诊疗技术。
我科运用中西医结合诊疗模式对急慢性肾炎、肾衰、肾病综合征、糖尿病肾病、IgA肾病、紫癜性肾病、痛风性关节炎、系统性红斑狼疮、难治性类风湿关节炎、强直性脊柱炎、干燥综合征、ANCA相关性血管炎、抗磷脂抗体综合征、硬皮病等各类肾病、风湿免疫系统疾病临床疗效显著。