重庆市中医院针灸科创建于上世纪五十年代，由全国著名针灸中医专家吴棹仙、万云程、李壮飞、柳励吾、丁午等创立，是重庆市最早成立的针灸科室。

1956年重庆市中医院老院长、针灸专家吴棹仙先生向毛泽东主席敬献子午流注环周图，成为毛主席关心支持中医药事业的一大标志性事件，载入史册。针灸科经几代针灸人的传承和发展，建设成为国家中医药管理局区域中医（专科）诊疗中心培育单位、国家临床重点专科（中医专业）、国家中医药管理局“十五”、“十一五”、“十二五”重点专科、全国针灸临床研究中心重庆分中心、重庆市中医研究院针灸研究所、重庆市卫生健康委员会中医药“十二五”、“十三五”重点学科。

承担国家中医药管理局王毅刚名老中医药专家传承工作室（含全国中医药传承博士后工作）、重庆市卫生健康委市级王竹行名老中医药专家传承工作室、重庆市和全国博士后科研工作站（针灸专业）、重庆市中医（痹病）特色诊疗技术工程中心等学术技术平台的建设。

针灸科团队现有医生、护士、康复治疗师70名，其中医师27名。

团队中有全国名老中医药专家学术经验继承工作指导老师2名，重庆市名中医3名，重庆市针灸推拿学学术技术带头人2名，重庆市针灸推拿学带头人后备人选1名，中组部“西部之光”访问学者1名，“江北英才”2名，硕士生导师3名；有高级职称14名，占比51.85%，博士5名，含博士后2名，硕士以上学历占比51.85%，中医执业医师比例100%，是一支中医力量雄厚、梯队合理的针灸临床、科研、教学队伍，在西南地区及全国均享有声誉，2018年、2019年连续获得艾力彼中国中医医院“最佳临床专科”殊荣。

针灸科设有9间专科门诊、2个病区、开放床位124张、灸疗中心和康复中心。

以针灸中药结合诊治80余种常见病、多发病及疑难病，疗效显著，处于国内先进水平。针灸科以中风偏瘫（脑梗死、脑出血、脑栓塞等）、痹病（各类疼痛包括颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出症、软组织损伤、骨性关节炎等）、不寐（各种病因导致的失眠症、）为优势病种，诊治常见病如面瘫、血管性头痛、眩晕、肥胖、痤疮、周围神经病变等和疑难、罕见病如小儿脑瘫、帕金森病和帕金森氏综合症、带状疱疹神经痛、三叉神经痛、抽动秽语综合征、多发性硬化、运动神经元病等疗效显著。

针灸科在国内外具有一定的影响力，为慕名而来的疑难患者解除了病痛，有来自四川、贵州、湖南、广东、山东、浙江、福建、新疆、西藏的省外患者，先后还诊治来自美国、英国、德国、日本、韩国、新加坡、台湾地区的患者数十名。派出多名针灸医师参加国家援外医疗任务，先后赴科威特、马耳他、俄罗斯、法国、瑞士、巴布亚新几内亚等国，在巴巴多斯建立海外中医药文化中心。赴美国、意大利、瑞士、新加坡等国讲学交流。现为中国针灸学会科普基地，建有针灸国际交流区，承办了驻渝使领团的中医药文化体验，年均接待参观交流数十次。

长期进行中医药传承工作，先后开展中国中医科学院传承博士后、全国名老中医药专家学术经验继承人、全国中医药骨干人才、重庆市“中医优才”和全国博士后等培养工作。

与成都中医药大学、重庆医科大学中医药学院、湖南中医药大学、贵州中医药大学等联合培养针灸专业硕士研究生；承担国家中医住院医师规范化培训；承担成都中医药大学、重庆医科大学中医药学院、重庆医药高等专科学校、重庆三峡医药高等专科学校、遵义医药高等专科学校等本科生的临床实习；承接重庆市内外的医师、护士进修学习。近5年以来主持国家自然科学基金1项，中国博士后基金1项，重庆市博士后基金1项，省部级课题21项，获得科研经费400余万元，发表论文50余篇，取得专利11项，获得科技奖励2项。