重庆医科大学附属第二医院神经外科是国家临床重点专科建设单位，国家博士、硕士学位授权点，国家卫健委脑出血外科诊疗基地，国家药物临床试验基地，重庆市神经血管介入诊疗技术规范化培训基地，长江上游神经外科专科联盟副理事长单位、中国神经调控联盟理事单位、脑缺血外科治疗西部协作组成员单位。由著名神经外科专家陈复仁教授组建于80年代初，经过近40年的不懈努力，现已发展成为装备现代化、技术精良的现代微侵袭神经外科中心。具备显微神经外科、神经内镜、神经介入、立体定向功能神经外科等先进设备与技术，在脑血管疾病、颅内肿瘤和功能神经疾病方面积累了丰富的经验，年手术量超过1500台。学科技术力量雄厚，医疗、教学、科研总体实力处于国内先进水平，为西南地区重要神经外科医师培养基地。在中国医学科学院发布的2020年中国医院科技量值(STEM)排名中，科室位居专科排行榜第38名。

科室人才梯队和专业结构合理，全科现有医护人员60多名，其中正高职称7名，副高职称6名，博士生导师2名、硕士生导师9名。有国务院特殊津贴获得者1人，重庆市医学领军人才1人，重庆市学术技术带头人1人，重庆市有突出贡献的中青年专家1人，重庆市中青年医学高端人才3人。学科主任程远教授在业内有较大影响力。科室主任谢宗义为重庆市高级职称评审专家。科室已培养博士、硕士100多名 ，每年招收规范化培训住培学员5~6名，现已培养10余名住培医师。科室分为渝中院区和江南院区，目前编制床位81张，实行"一院两区"同质化管理，以确保病人在任何一个院区都能得到相同的治疗和护理。

科室分脑血管疾病、颅内肿瘤、脊髓脊柱疾病与功能神经疾病4个亚专业。常规使用显微镜、神经内镜、显微镜与内镜辅助、神经电生理监测下的显微神经外科手术治疗、介入放射治疗及立体定向手术等与国际同步的最新手术方法，进一步提高了手术质量和治疗效果。