西南医科大学附属医院康复医学科的前身是成立于1986年3月的康复医学教研室，挂靠于门诊部理疗室（起源于1950年川南医院成立的放射科理疗室，1973年理疗室划归门诊部管理），于1990年5月合并门诊理疗室，在四川省内首家成立带24张住院病床的康复医学科。2011年成立西南医科大学康复医学系，采取系科合一体制，开始康复治疗学专业本科招生。是国家级康复医学专业住院医师规范化培训基地，是四川省康复治疗师和康复专科护士规范化培训基地，是康复治疗学本科专业和康复医学与理疗学专业硕士学位授权点。康复医学科共有床位149张，包括忠山病区、蓝田石油医院病区和康健城病区3个病区。忠山院区本部有编制床位90张，开放床位110张，细分为心肺及重症康复、神经康复、脊髓损伤康复、骨科及疼痛康复等4个亚专科医疗片区，设有专门的康复功能评定室、神经电生理评定室、等速肌力评测与训练室、步态分析实验室、PT1（物理治疗部--运动疗法）、PT2（物理治疗部--物理因子）、OT（作业治疗部）、ST（语言治疗及吞咽训练部）、CPT（心肺康复治疗部）、P&O（假肢矫形器中心）、SET（悬吊训练治疗室）、骨科康复治疗部、传统康复治疗部、康复治疗前移部、高压氧治疗室等部门。康健城病区有编制床位31张，包括儿童康复、神经康复等2个亚专科医疗片区和相应治疗部门。科室拥有一大批先进仪器设备，如在西南地区首家引进的三维视频步态分析系统、挪威SET（人体悬挂运动训练系统）、体外冲击波骨科治疗系统、等速训练仪、经颅磁刺激仪、神经肌电图诱发电位仪、六六脑·脑康复系统等以及系统、完备的康复医学评定与治疗设备：动静态平衡评估与训练仪、汉语失语症心理语言评价与训练系统、吞咽言语诊治仪、肌肉骨骼超声扫描仪、便携式膀胱容量测定仪、膀胱压力容量评定系统、肺功能测试仪、多功能运动心肺测试仪、上肢智能等速训练仪、肌电生物反馈治疗仪、垂直振动治疗仪、主被动康复治疗仪、冲击波治疗仪（便携式）、中医定向透药治疗仪、内热针治疗仪、微波治疗仪、超短波治疗仪、低能量脉冲式超声波治疗仪、体外膈肌起搏器、全胸振动排痰治疗仪、脑功能循环治疗仪、空气压力波治疗仪、光子治疗仪、神经肌肉电刺激仪、经皮神经治疗仪、上下肢关节康复器、全身骨质疏松治疗系统、骨创伤治疗系统、电脑中频理疗系统、美国超声波治疗仪、日本低周波治疗仪、韩国空气气压机、四维快速腰椎牵引治疗仪、电脑颈/腰椎牵引床、减重支持训练系统、电动起立床等。康复医学系下设临床康复医学、物理治疗学、作业治疗学3个教研室以及康复医学综合实验室。康复治疗学专业是四川省一流本科专业；《康复医学》是校级精品课程和校级精品资源共享课程；康复医学科是四川省医学甲级重点学科。康复医学系共有教师81人，有教授、副教授11人，硕士研究生导师5人，博士7人（含在读博士4人），硕士26人，四川省卫健委学术技术带头人1人，国家级学会常委1人、委员6人，省级学会会长和副主任委员3人。发表论文300余篇，其中SCI论文30余篇，主编、副主编和参编国家规划教材和学术专著52部，获得专利43项，现有国家自然科学基金1项，省部级课题8项，市厅级课题38项。作为项目负责人获得四川省人民政府科技进步三等奖3项、中国康复医学会科技进步二等奖和三等奖各1项，四川省医学科技进步二等奖和三等奖各1项。