南方医科大学第五附属医院口腔科由南方医科大学第五附属医院和口腔医院（广东省口腔医院）合作共建，内设口腔内科、颌面外科、种植专科、正畸科、儿童牙科、专家特需门诊等专科门诊，是广州北部地区高水平、现代化、最具影响力的省级口腔医疗基地，也是广州市六龄齿窝沟封闭项目的指定单位。专科特色全面开展微创拔牙，显微根管治疗、椅旁数字化嵌体修复、隐形矫治、牙周基础治疗及手术治疗，擅长“多学科联合治疗”下的微创种植、即刻种植、全口牙种植、重度牙周炎种植修复、牙颌面畸形的正畸正颌联合治疗等。口腔颌面部良恶性肿瘤手术治疗、颌骨囊性病变、涎腺疾病、唇腭裂综合序列治疗以及颌面部创伤、颌骨骨髓炎、脉管畸形诊疗达到省内先进水平。人才队伍现有医护人员53人，其中副主任医师3名、硕士7名、博士1名，另有特聘专家4名（博士、副主任医师）。医疗设备配备业内顶级的口腔CBCT、X线数码全景机及口内扫描系统、显微根管治疗系统、牙种植系统、隐形矫治器、瑞士EMS全功能超声治疗机、种植支抗植入系统、超声骨刀、口腔无痛局麻仪、颌面外科的彼岸和WH动力系统等专科治疗设备。