恩施土家族苗族自治州中心医院病理诊断中心下设中医部病理科、西医部病理科，实行一科两区一体化管理。于2014年创建成为恩施州唯一的国家级病理住院医师规范化培训基地，志在为武陵山地区输送病理新生力量。作为恩施州区域病理诊断及会诊中心及恩施州病理诊断质量控制中心（2014年成立），广泛接收恩施州区域各级医院疑难病例会诊，并于每年主持举行恩施州病理质量控制会议，病理诊断水平及综合实力享誉武陵山地区。2021年12月，全科共有专业技术人员20人，职称结构为主任医师2人，副主任医师4人，主治医师2人，医师3人，副主任技师1人，技师6人，技士1人；学历结构为硕士研究生6人，本科13人，专科1人。科室共有引进人才1人，甲等“胡萝卜”人才1人，乙等“胡萝卜”人才2人。主要业务科室诊断现分为淋巴造血系统肿瘤、女性生殖系统肿瘤、男性生殖及泌尿系统肿瘤、消化系统肿瘤、乳腺肿瘤、骨及软骨肿瘤等亚专科。病理诊断中心现开展服务项目包括：常规石蜡、快速石蜡、术中冰冻切片及诊断，特殊染色及免疫组化染色，脱落细胞学、液基细胞学及细针穿刺细胞学诊断，26种HPV亚型检测（PCR），小儿尸体解剖、尸检病理诊断。科研教学科室共发表核心论文22篇，SCI5篇，开展新业务新技术15项。常年承担湖北民族大学医学院病理教研任务。病理诊断中心于2014年创建成为恩施州唯一的国家级病理住院医师规范化培训基地。同年承担湖北民族大学医学院病理学本科教学工作。每年接受20余名学员进行住院医师规范化培训。