南方医科大学第三附属医院儿科，设立于建院初期，目前儿科由新生儿病区、普儿病区、门急诊儿科及社区预防保健四部分组成。现有医生12人，其中主任（副主任）医师4人，主治医师4人，护士15人，人才结构分布合理。肩负医疗、科研、教学三项重任，日均门急诊量200人次，病房年收治患儿约1000人。近年来开展多项医疗新技术，尤其在危重新生儿救治方面技术优势突出。

科室门急诊常年开诊，24小时应诊，节假日无休。

儿科病房下设普儿病区及新生儿病区，各专科专业人员配备齐全，具备先进的危重症监护及生命支持设备。可开展小儿肾穿刺对小儿肾病进行病理分型；13C尿素呼吸试验诊断小儿幽门螺杆菌；动态或视频脑电图监测癫痫患儿脑电波变化；先进电生理方法诊断小儿心律失常；超声影像学技术对心血管疾病的诊断以及纤维内窥镜诊断儿童消化道疾病等多项先进诊疗技术。

儿科开展对儿童脓毒症、肺炎、哮喘、呼吸衰竭的诊治，也开展对儿童血液疾病、肾病、心脏病、风湿、免疫性疾病的诊治；新生儿病区在极低出生体重的早产儿、新生儿窒息、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿颅内出血、新生儿肺炎、新生儿呼吸衰竭、新生儿败血症、新生儿高胆红素血症等危重症诊治技术成熟；开展围术期儿童的监护治疗；广泛开展PICC置管、新生儿抚触、新生儿早期脑康复等诊疗技术，在减轻患儿痛苦及改善预后方面效果显著。

社区门诊可开展儿童预防保健、生长发育咨询、儿童智力测试、免疫接种等多项业务。