牡丹江医学院附属第二医院耳鼻咽喉科为医院重点科室。目前有主任医师（教授）1名，副主任医师（副教授）2名，主治医师（讲师）2名，住院医师（助教）1名。主任护师（教授）1名，主管护师（讲师）1名，护师（助教）1名，护士（助教）3名。

科室开放床位22张，每年收治耳鼻咽喉科疾病几十种，开展各种手术200余台。装备有丹麦MEDSEN电测听、日本OLYMPUS电子喉镜、德国WOLF鼻内窥镜、耳内镜、德国ZEISS显微镜和图像工作站、美敦力鼻窦电钻鼻窦吸引切割动力系统、电子支撑喉镜、耳鼻喉科综合治疗台和先进的手术设备，能对耳鼻咽喉各部位病变进行详细直观的检查和诊断，可以进行各种显微和微创手术。

科室是牡丹江地区最早开展鼻内窥镜下手术治疗慢性鼻窦炎、鼻息肉和鼻腔、鼻窦良恶性肿瘤和鼻中隔偏曲的科室。并能熟练开展悬雍垂腭咽成形术治疗阻塞性睡眠呼吸暂停综合征、内镜下鼻咽部巨大肿瘤切除、咽部及咽旁的肿瘤切除、电子支撑喉镜显示系统下的喉部微创手术、内镜下经口腺样体、扁桃体切除术、喉部良、恶性肿瘤的喉部分切除术、全喉切除术、颈淋巴结清扫术；鼓膜修补、乳突根治术、鼓室成形术治疗中耳炎等。