牡丹江市第二人民医院胸外科是院内的重点科室，承担着黑龙江省东部地区胸部疾病及胸部外伤的治疗工作。与北大第一医院及哈医大二院、四院保持长期协作关系。课内医生6名，科主任臧志军现任牡丹江市胸科专业委员会副主任委员。开展项目：1、肺癌、食管癌、纵膈肿瘤的手术治疗。2、大咳血手术治疗。肺大疱、胸腔镜治疗。3、良性及恶性胸腔积液的手术及胸腔镜的治疗；自发性气胸的手术及胸腔镜治疗。肺脓胸的手术及胸腔镜的治疗。肺脓肿的手术治疗；急、慢性脓胸的手术治疗；胸壁肿瘤的手术治疗。4、重症肌无力的外科治疗。5、重症外伤致呼吸衰竭的呼吸机治疗。6、急诊胸外伤大出血，胸内脏器损伤的手术治疗。