黑龙江省第二医院神经外科，是神经外科临床、科研和教学基地，建有显微神经外科解剖室。本科拥有国内最先进的医疗设备，包括最先进的Leica手术显微镜、神经手术导航系统、神经内窥镜系统和电生理检测系统等现代化的神经外科设备。

目前神经外科有4个亚专业组，为颅脑损伤、颅脑肿瘤、脑血管病及神经介入、脊髓和脊柱专业组。已开展包括岩斜区肿瘤、桥小脑角区肿瘤、鞍区肿瘤、各种复杂动脉瘤（基底动脉瘤、眼动脉瘤和巨大动脉瘤）、脑血管畸形、颈动脉支架成形及颅内外血管吻合术、颈动脉内膜剥脱术及腰、颈间盘脱出的微创手术治疗。手术质量达国内先进水平。

神经外科全面应用高新技术，以显微神经外科为基础，将微创理念贯彻到神经外科疾病的整个诊治过程，在手术和治疗中体现神经外科领域的新技术和新观念，实现了微创的治疗理念。病房环境优雅，服务热情，开展人文护理，全心全意地为病人服务。