南方医科大学南方医院儿童口腔科是口腔医学中心的亚分科，是国内综合性医院中规模和学科实力排名前列的口腔专业科室，在全国综合性医院口腔专科声誉排名榜中居华南地区第一，拥有国家临床重点专科，四个国家级口腔住院医师规范化培训专业基地和一级博士学位授权点。现设门诊一区、门诊二区、惠侨楼名医门诊及口腔头颈颌面外科病房，拥有口腔综合治疗椅78台，病床100张，年门诊量13万余人次。
科室构架
牙体牙髓病科(国家临床重点专科)：主要治疗各种牙痛、龋病（蛀牙）、牙髓病、根尖周病、牙外伤、牙齿敏感及各种牙发育缺陷等牙体、牙髓疾病治疗和牙齿美学修复
口腔头颈颌面外科：开展拔牙、各类软硬组织肿物诊治等牙槽外科门诊手术；口腔颌面部感染、损伤、肿瘤，涎腺疾病，颞下颌关节疾病，颌面部神经疾患，唇腭裂及面裂，牙颌面畸形等治疗
口腔修复科：依托精准修复理念与数字化修复技术，开展牙体/牙列缺损或缺失的活动、固定及种植修复，贴面、嵌体等微创/即刻美学修复治疗；全口咬合重建、颌面部软硬组织的赝复修复、牙周病与颞下颌关节病的修复治疗等高难度特色医疗项目
口腔种植科：开展种植牙治疗。
口腔正畸科：开展青少年、成人牙齿矫正治疗。
儿童口腔科：18岁以下儿童牙体牙髓病，儿童口腔软组织疾病，咬合诱导，儿童口腔外科治疗，特殊儿童口腔治疗等。
口腔综合科：开展拔牙，补牙，根管治疗，贴面、嵌体、全冠等修复治疗，牙周基础医疗，牙周手术治疗，牙齿美白及膜龈手术和修复等。
牙周病黏膜病科：开展洗牙，牙齿美白；牙龈出血、流脓，牙龈萎缩、牙根暴露，牙根敏感，牙齿松动、咬合无力，口臭；口腔溃疡，唇舌疾病，口腔黏膜斑块，口腔感染性疾病等治疗。
人才梯队
医技护系列人员130余人，其中正高6人，副高15人，博士后合作导师4名，博士生导师6名，硕士导师11名。
学科建设
国家临床重点专科、广东省攀峰重点学科、广东省重点建设学科、口腔医学一级学科博士学位授权点、博士后科研流动站、硕士学位授权点、国家药物临床试验机构（GCP）资格、广东省口腔医学数字化实验教学示范中心、广东省质量工程建设项目重点专业。承担南方医科大学口腔医学院本科生的理论授课及临床带教。