哈尔滨市儿童医院消化内科成立于1972年，是省内唯一一家独立的小儿消化专科，目前开放床位62张，现有医护28人，医生11人，其中主任医师3人，副主任医师5人，主治医师2人，住院医师1人；护士17人，其中腔镜室专职护士1人。

承担着黑龙江省及周边地区的儿童消化系统疾病防治诊疗工作，同时承担哈尔滨医科大学，黑龙江中医药大学，齐齐哈尔医学院的临床教学及儿科医生规范化培训带教工作。2011年被黑龙江省卫生厅定为黑龙江省小儿消化医疗质量控制中心。分设有，消化特诊，消化专科门诊，儿童腔镜中心。开展消化系统常见病，多发病以及疑难重症的抢救及诊治。

目前科室收治疾病种类

胃肠：小儿腹泻病；胃炎；消化性溃疡；过敏性胃肠病；炎性肠病。

肝胆：婴儿肝炎综合征；胆汁淤积性肝病；各种原因不明的黄疸，肝脾肿大及药物性肝损害；急慢性胰腺炎；胆囊炎等。

功能性疾病：各种不明原因引起的呕吐，腹痛，消化道出血；功能性消化不良；再发性呕吐；胃食管反流；便秘；厌食等。

营养：原发或继发营养不良、肠道内(外)营养。

腔镜中心：成立于2001年，是东北地区首家全方位从事小儿消化内镜诊疗技术的科室，专业技术省内领先。有普通胃镜2条，肠镜2条，超细胃镜1条，诊治患儿数千余例，开展低月龄小儿胃镜，肠镜的诊疗。开展的项目有：常规小儿电子胃镜，电子结肠镜，结肠息肉高频电凝电切，消化道出血止血，消化道异物钳取，胃扭转复位，消化内镜下置管术等及麻醉胃肠镜检查。