上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。201月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医级综合性医院》资源整合，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。(以下简称“九院”)

九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区(制造局路639号)、北部院区路280号)、浦东院区(高科西路1908号)、浦东科教园区(锦尊路115号)和祝桥院区(在建)。医院承担本市区域基本医疗务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。

九院总占地面积109.68亩，总建筑面积29.01万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室63个，其中医括11个。全院职工5028人。九院拥有5位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔领面外科专家邱蔚六教授、骨科专戎教授、口腔领面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。

在2022年度上海市三甲医院科研竞争力排行榜中，综合排名全市第三。整形外科学、口腔医学排名第一，眼科学、骨科学、耳皇咽喉科学、病理学排名第二，护理学、麻醉学排名第三，内分泌病学、营养学排名第四，全科医学、临床放射学排名第五。

九院学科建设水平不断发展。是国家口腔医学中心和国家口腔疾病临床医学研究中心依托建设单位，医院有口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学料。骨科、口腔领面外科、牙体牙科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科等9个国家临床重点专料，上海市临床重点专科8个，上海市教委IV类“高峰学科”1项；上海市教委“高峰高原学料”建设项目1项。拥有口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部211工程重点学科，口腔疾病、修复重建外料、创伤骨科与骨关节外科等3个上海市临床医学中心，上海市口腔疾病临床医学研究中心、上海市整形与修复重建临床医学研究中心等2个上海市临床医学研究中心，上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心、上海市听觉与耳神经频底外科研究中心、上海市整形外科研究中心、上海市骨科数字医学研究中心等5个上海市重中之重研究中心。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科，血管外科为全国第一批外周血管介入诊疗培训基地，组织工程学、口腔领面外科学为上海市重点学料(优势学料)口腔修复和生物材料学为上海市重点学科(特色学科》，口腔基础医学、眼科学为上海市重点学料，修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心；康复医学、急诊与危重病学为上海卫生计生系统重要薄弱学料，中医口腔黏膜病学为上海市中医药新兴交又学料。眼料、耳皇喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科，内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科，医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、脑与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心.

在国际合作方面，英国爱丁堡皇家外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、国际口腔领面外科医师协会(IAOIIS)口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔领面外科国际内固定学会(AOCWP》颇领面分会培训中心单位，建立了国内首个国际认证的麻醉护理教育基地，并挂牌美国心脏协会心血管急救培训中心。

“十四五”发展规划以来，九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模最大的整形外科医学中心和国内最大的整开外科医教研中心；口腔领面外科达到国际领先水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔黏膜病科、口腔修复科、口腔正畸料、儿童口腔料、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平，骨关节外科料和脊柱外科处于国内优势地位，眼整形眼眶外料、眼肿瘤治疗达到全国领先水平，耳神经颇底外科在亚专业领域的国内排名近年始终位居全国前三；辅助生殖中心是全国铺助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄最高的辅助生殖中心，心咖管个入治疗、铁激光前列腺刺除治疗、周围血管疾病治疗、脑与腹外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领先水平。