复旦大学附属儿科医院心内科，创建于1956年，是国内较早的儿科三级学科之一，是集医、教、研一体的国内驰名的小儿心脏内科诊治中心。

心内科包括病房、专科门诊、心导管室、超声心动图室、心电及心功能室。目前有固定床位35张。现在职医生21名，其中主任医师6名，副主任医师6名，主治医师7名，住院医师2名；博导3名，硕导4名。所有医生均为硕士以上学历，其中博士学位者16名，且大部分有国外培训经历。另有主管技师1名，技师5名。

先天性心脏病是心内科诊治的主要疾病。1957年儿科医院在国内率先开展小儿心导管检查，1984年开始进行先天性心脏病介入治疗。

目前常规开展先天性心脏病复杂畸形的心导管检查及心血管造影，为心外科手术提供精准的血流动力学评估。开展的先心病介入治疗涵盖目前国内开展的所有技术，尤其是新生儿介入治疗为国内开展较早中心之一，在新生儿及小婴儿的极重度肺动脉瓣狭窄、重度主动脉瓣狭窄及主动脉弓缩窄的介入治疗方面取得显著疗效和极低并发症。

川崎病冠状动脉病变是目前最常见的获得性心脏病，在川崎病急性期的诊断治疗以及冠状动脉病变的诊治和长期管理方面有严格规范和丰富经验，接受全国各地疑难、重症川崎病患儿的转诊；在全国率先开展川崎病患儿冠脉造影以及冠脉搭桥手术，成立多学科合作团队，为重症冠状动脉病变患儿提供在一个中心完成规范诊断、治疗和长期管理的一站式服务。

牵头制定了我国第一个“川崎病冠状动脉病变临床处理建议”；牵头上海市多家儿童医院进行的课题《川崎病冠状动脉病变的流行病学、临床处理及预测指标研究》获中华医学科技奖二等奖、上海医学科技奖一等奖以及上海科技进步奖二等奖。

心内科在其他获得性心脏病的诊治方面也具有丰富的经验并形成自己的特色。对顽固性、难治性心律失常，综合药物、电复律、射频消融等治疗方法，挽救了众多危重患儿生命，成功为2个月5kg的顽固性室上速婴儿实施射频消融治疗。对心肌炎、心肌病、心包炎、感染性心内膜炎、高血压等等疾病的诊治均有严格规范。

心内科先后承担国家重点研发计划项目、自然科学基金重点项目、973重点项目、科技部、教育部、卫生部、上海市重大科研项目、国家自然科学基金面上和青年基金等数十项重要研究课题。共编译专著20余部，每年在国际和国内学术期刊发表论文数十篇。