儿科医院中医科除顾戴路总院外，还参与枫林路门诊部分工作，门诊量逐年增加，目前年中医科各级各类门诊各类专病、业余和特需专家门诊接近10万人次/年。现在职中医科主任为俞建主任医师、副主任汪永红主任医师，另有副主任医师（张亦群、胡红）2名，主治医师（孙雯、刘俊朝、和婧伟、孙艳艳）4名。目前开设的专科专病门诊有性早熟门诊、少女妇科、肾病门诊、咳嗽门诊、胃炎门诊、中西医结合门诊、肥胖门诊以及针推外治门诊等。中医科恪守古训，中西结合，形成了独具特色、系统完整的诊疗体系。
历史沿革及学科建设
中医科成立于1956年，第一任主任为原上海市十大名医之一顾文华老中医；1987年，随后由徐迪三老中医接任中医科第二任主任；1990年，时毓民教授担任中医科第三任主任和中西医结合研究室主任；2000年，俞建教授担任第四任中医科主任，副主任为沈雅娟副主任医师；2005年汪永红教授接任中医科副主任。
60年代中-70年代初，党和政府号召西医学习中医，儿科医院许多高年资西医均接受过顾文华、徐迪三老中医的中医基础知识培训。目前，儿科医院许多有名的老教授在内科、外科等领域还运用当时所学的中医知识中西医结合治疗病儿。时毓民教授后来走上中西医结合的道路，2017年成立国家中医药管理局时毓民名老中医传承工作室，为第二届、第六届全国名老中医师带徒导师、上海市名中医、上海市中医领军人才导师。蔡德培教授成为全国知名的中西医结合小儿内分泌专家。儿科医院坚持鲜明的以中医为主、中西医结合的特色，培养了大批接班人、俞建教授为十二五上海市中医领军人才、十三五上海市中医领军人才共同导师、汪永红教授获评第三批全国名老中医师带徒优秀学员。
60年代，中医科与西医合作，开设中西医结合肾脏病门诊，确定了在小儿肾病综合征不同阶段的中医治疗原则，研究出一系列的院内制剂，2006年中医科与肾病风湿科合作，成立中西医结合病区，联合查房、门诊和科研。
70年代，又联合西医，开设消化疾病门诊，按照小儿消化系统疾病不同证侯，辨证制订了消化系列方，应用于临床，获得良好效果。
80年代初 儿童性早熟：八十年代初已故老中医顾文华教授在全国首先提出儿童性早熟的中医病机在于“肾阴虚，相火旺”，采用滋阴泻火中药为主治疗儿童性早熟，经过时毓民、蔡德培领衔的研究小组的不断努力和改进下，制订出一整套治疗小儿性早熟的中西医结合方案，研制出系列治疗性早熟的方剂，如儿早丸、早熟1号、早熟2号等，临床治疗小儿性早熟获得良好疗效。1987年在全国首先开设性早熟专科门诊，1995年，被上海市卫生局批准为特色门诊；2001年，经过全市性的擂台，荣获上海市中医特色专科， 2004年6月通过优秀专科鉴定并挂牌。2004年治疗性早熟的系列方案“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”申请了国家发明专利。近十年承担及完成了国家自然基金5项，卫生部、上海市多项科研课题，成果先后获2001年、2005年、2007年获上海市科技进步奖、中国中西医结合学会科技进步奖，2010年作为主要参与者之一，获国家科技进步二等奖，2010年开始创建上海市达标中医科项目，2011年中医科获评国家临床重点专科-中医儿科。
90年代初，中医科又开始开设厌食专科，采用中医辨证和针灸（刺四缝）相结合的方法治疗小儿厌食等消化系统疾病。遗尿专科采用中药为主，中西医结合的方法诊疗遗尿患儿。
2000年，开设青春期月经病门诊，采用中西医结合的方法，进行青春期女童月经异常疾病的诊疗。
2001年与肾脏科、泌尿科联合成立复旦大学附属儿科医院遗尿诊疗中心。消化专科门诊采用中西医结合的方法治疗小儿慢性腹泻、胃窦炎等。
2001年，“补肾中药调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的作用及机理”获上海市科技进步二等奖。
2004年，“调整性早熟儿童青春发育进程和改善骨骼发育的中药制剂”（2004-RY01-193）获国家发明专利。
2006年，与肾病风湿科联合，挂牌成立上海唯一的中西医结合儿科肾病病区。
2007年，“儿童性早熟中医药临床干预、诊疗规范及机理研究”获中西医结合学会科技进步二等奖。
2011年，进入上海市达标中医科建设。
2011年 获评卫生部-国家临床重点专科-中医儿科 ，中医儿科相关疾病协作组组长身份，牵头“小儿性早熟”、“小儿汗证”等诊疗方案、指南及临床路径建设，并在医、教、研诸方面取得相应的成绩。
2017年 时毓民名老中医分期辨证论治儿童哮喘的循证医学研究获上海市中西医结合科技进步二等奖。
从中医科成立至今，从临床、科研、人才建设软硬件方面真正成为的中医、中西医结合儿科的“国家队”。
科研教学及人才建设
每年担任本科生和研究生的中医药学，中西医结合临床，儿科学及研究生高级教程等相关教学。先后带教研究生25名，博士4名，目前在读研究生4名，并接受中山医院和华山医院中西医结合专业儿科规培轮转和下级医院临床进修访问等。拥有全国名老中医时毓民教授，知名中西医结合内分泌专家蔡德培教授等。儿科医院坚持鲜明的以中医为主、中西医结合的特色，培养了大批接班人，其中俞建教授为上海市“十二五”中医领军人才、“十三五”中医领军人才共同导师，汪永红教授获评第三批全国名老中医师带徒优秀学员、孙雯主治医师为上海市杏林新星、和婧伟主治医师为上海市中医药领军人才学术共同体成员、杏林新星、第六批全国名老中医学术继承人。
医疗特色及诊疗范围
坚持以传承中医特色为主旨、以中西医结合先进诊疗为手段诊治及预防疾病，具体如下：
① 青春期发育异常疾病
特色：性早熟、青少年月经病等。为上海市卫生局批准的唯一性早熟特色专科。
② 呼吸系统疾病
特色：采用辨证结合辨病，诊疗小儿呼吸道感染性疾病、小儿哮喘；
擅长小儿反复呼吸道感染，过敏性咳嗽（咳嗽变异型哮喘）、小儿哮喘恢复期调理。
③ 消化系统疾病
特色：采用系列行之有效的中药合剂，并运用传统方法“刺四缝”、“压火丁”等方法治疗小儿厌食症、功能性呕吐、并采用辨证施治方法慢性腹泻、慢性胃窦炎、小儿便秘等消化道常见疾病。
④ 中医肾脏专科门诊
特色：采用辨病与辨证施治相结合的方法，治疗小儿肾病、过敏性紫癜（肾炎）、血尿、遗尿症等疾病。中西医结合肾病病区是上海市唯一的中西医结合儿童肾病病区。
⑤ 中医针推外治门诊
通过中医辨证施治，结合“飞针法”、耳穴贴压、冬病夏治三伏贴、冬病冬治三九贴、拔罐、小儿推拿、中药贴敷、等多种特色治疗方法调治小儿慢性咳嗽、咳嗽变异性哮喘、反复呼吸道感染、哮喘等中医“肺系”疾病。采用针刺、灸法、耳穴贴压、中药贴敷肚脐等方法治疗厌食、消化不良、慢性腹泻、便秘、遗尿、血管神经性头痛、面瘫、神经衰弱、睡眠障碍、以及多动症、抽动症等疾病。