东方肝胆外科医院是以肝胆外科为特色的三级甲等综合医院，建筑面积20万平方米，展开床位1500张，是国内一次建成体量最大的医院。现为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，国家教育部和全军重点实验室，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市重中之重临床医学中心。

医院长期坚持医、教、研相结合，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗，原发性肝癌术后抗复发治疗，肿瘤的免疫治疗、介入治疗，复杂胆道疾病的手术治疗，肝胆疾病的内窥镜治疗以及肝移植等方面均居国内外先进水平。不仅采用传统的外科手术治疗方法，还采取了细胞治疗、微波方法、射频方法、氩氦刀方法、激光光敏技术、肝内肿瘤酒精注射疗法和经股动脉至肝动脉插管加栓塞疗法等。

于2015年10月18日试运行的安亭新院，是国内先进的研究型医院，在保持现有特色学科的基础上，建设内科等支撑学科，发展其他外科和专科，是一所设计理念先进、功能布局科学、医疗技术领先的三级甲等现代化综合性医院。作为第二军医大学实现“一体两翼”战略布局的“先锋队”，医院汇聚了以长海医院急诊科主任何建、骨科教授康一凡、长征医院心内科教授赵学为代表的近30名各学科领军人物倾情加盟，给肝胆外科以强有力的支撑。医院拥有上海首台第五代射波刀系统等国际一线品牌的大型检查检验设备，30间手术室全部为空气净化手术室，是国内一次性建成手术室最多的单体建筑。

与医院毗邻的国家肝癌科学中心是由吴孟超院士和我国精准治疗的领军人物王红阳院士牵头成立的国家级肝癌研究中心，这个中心将以安亭新院为依托，紧紧围绕降低我国肝癌发病率、病死率的目标，精准聚焦肝癌研究领域的重大科技关键问题，开展肝炎、肝硬化向肝癌发展的预警与预防等转化医学研究，并为肝胆肿瘤的精准治疗提供支持，成为国内转化医学和精准治疗新高地。

医院拥有一支由吴孟超院士领衔，以拔尖中青年为骨干的优秀科技干部队伍，现有中国科学院院士1名，中国工程院院士1名，博士生导师33名，硕士生导师80名，高级职称90名。1978 年以来，共培养博士后22 名，博士研究生112名，硕士研究生223名，并承担外国留学生、本科、大专、中专等教学任务，多年来还为全国各地培养进修生千余名，是国内培养肝胆外科高层次人才的教学基地。1996年1月，中央军委授予吴孟超院长“模范医学专家”荣誉称号。近年来，医院有1人入选长江学者奖励计划特聘教授，2 人入选国家“百千万”人才工程，1 人获中国有突出贡献博士，2人获全国“巾帼建功”标兵，3人获全军“育才奖”金奖，22人获全军“育才奖”银奖，2 人获总后“一代名师”、7人当选总后科技“金星”、“银星”、“新星”人才，4人获上海市“科技精英”称号，5人获上海市“银蛇奖”，1人获“上海教育功臣”荣誉称号，1人获军队专业技术重大贡献奖，8人享受政府特殊津贴。