医院目前是国家先天性结构畸形救助项目定点医疗机构、国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位、彩虹桥-中国癫痫儿童关爱项目合作点、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心网络单位、中国流动留守儿童体格发育促进研究与能力建设项目暨“天使童行”定点合作医院、昆明市儿童医院“童心项目”先天病筛查定点协作医院、玉溪市危重新生儿救治中心、玉溪市首批残疾儿童康复定点医疗机构。是重庆医科大学附属儿童医院技术指导医院、重庆医科大学附属儿童医院新生儿科中心主任史源专家工作站、复旦大学儿科医院医学博士周文浩专家工作站、温州医科大学附属第二医院儿科系主任蔡晓红专家工作站、昆明市儿童医院联盟合作单位和昆明医科大学教学医院。

“精诚护生，善佑未来”是我们的院训。我院将秉承救死扶伤，治病救人的宗旨，以儿童的健康为己任，充分发挥儿童专科医院的特色和优势，向管理科学化、技术专业化、操作规范化和服务人性化方向努力，将玉溪市儿童医院建成集儿童疾病诊断、治疗、科研、教学、保健、康复为一体，并承担突发性公共卫生事件应急处理职责，履行儿童传染性疾病防治职能的儿童健康保障中心，为玉溪市及周边儿童的健康成长保驾护航，并致力将玉溪市儿童医院打造成为滇中南地区具有影响力的儿童医学中心。