河南省疾病预防控制中心前身为省卫生防疫站，成立于1953年。2003年11月，经省机构编制委员会批准，撤并省卫生防疫站、省结核病防治研究所组建成立省疾病预防控制中心，核定编制470人，规格副厅级，经费实行全额预算管理。2006年2月，整体搬迁至郑东新区，占地80亩，总建筑面积34190平方米。其中，拥有生物实验室8427平方米；毒理实验室3853平方米；理化实验室5025平方米。

2017年编制调整为454人，现有在职职工413人。其中专业技术人员363人，博士18人，硕士171人。高级职称人员117人，其中二级正高2人。拥有全国劳动模范2人，享受国务院特殊津贴12人，省政府特殊津贴1人，省五一劳动奖章2人，省管优秀专家6人，跨世纪学术和技术带头人12人。

设立9个业务所（中心）、6个职能处室、13个直属科室。拥有各类仪器设备总价值1.56亿元，达到国内一流水平。通过国家认可委的认可和原卫生部的计量认证，认证认可项目达976项，被商务部第一批授予“定点食品安全检测机构”， 2014年获国家食品药品监督管理局“保健食品注册检验机构”资质认可，被原国家卫计委授予“国家食品安全风险监测河南中心”。目前已经获5项国家检测检验认可资质。建有全省唯一的BSL-3实验室、49个BSL-2实验室（其中10个为加强型BSL-2实验室）、省A级SPF动物实验室、菌（毒）种保藏中心、国家级艾滋病确证实验室、WHO认证的脊灰实验室、结核病参比实验室、淮河流域癌症综合防治项目实验室，以及“国家致病菌识别网”区域中心实验室等。

拥有河南省重点实验室：河南省传染病病原生物重点实验室；发改委传染病分子医学河南省工程实验室；省医学重点学科6个（传染病学、食品安全、医学寄生虫学、慢性病流行病学、地方病学、艾滋病学）；省医学重点实验室5个（河南省艾滋病防治研究实验室、河南省结核病参比实验室、河南省病原微生物医学重点实验室、河南省食品安全风险监测医学重点实验室、河南省免疫预防医学重点实验室）；省级创新型科技团队3个（新发传染病预防控制优秀科技创新型团队、艾滋病与结核病等重大传染病综合防治研究团队、河南省食品安全创新型科技团队），获批省人力资源和社会保障厅博士后创新实践基地。先后获得国家级重大科研成果8项，省部级科技进步奖100余项。“消灭丝虫病研究”“新布尼亚病毒发现及其致发热伴血小板综合征预防控制”分别获河南省科技进步一等奖，填补了我省医药卫生类省科技进步一等奖的空白。2014年以来，主持国家“十三五”科技重大专项1项，承担国家科技重大专项11项；获批国家自然科学基金项目3项，省级项目71项，市厅级项目152项；获批科研项目经费2000多万；获省级科技奖20项，市厅级科技成果奖45项；发表学术论文1031篇，其中SCI收录86篇，单篇最高影响因子达到45.54。

2011年以来，已经连续3届蝉联“全国文明单位”称号。2017年，在原国家卫计委开展的省级疾控中心规范化建设评比中，位列全国第八名。先后被人社部授予“抗震救灾英雄集体”、被原卫生部授予“全国卫生系统抗震救灾英雄集体”、被中组部授予“全国抗震救灾先进基层党组织”、被全国总工会授予“抗震救灾重建家园‘工人先锋号’”，多年来多次被国家原国家卫计委授予“卫生应急先进集体”“全国疾病预防控制先进集体”等荣誉称号。