南方医科大学南方医院是南方医科大学第一附属医院、南方医科大学第一临床医学院，承担临床医疗、医学教育、医学科研和预防保健等任务，是大型综合性三级甲等医院和国家区域医疗中心。医院创建于1941年，建院时为新四军第三师后方医院。1975年，医院番号调整为中国人民解放军第一军医大学第一附属医院，经总后勤部批准对外称“南方医院”。2004年，医院随第一军医大学转制移交至广东省，更名为南方医科大学南方医院。

医院现有院本部和增城院区，知识城院区，托管白云分院、太和分院；与江西省赣州市人民政府合作，依托赣州市人民医院(南方医科大学南方医院赣州医院)共建国家区域医疗中心。医院现为国家区域医疗中心建设输出医院、委省共建国家创伤区域医疗中心、国家疑难病症(肿瘤)诊治能力提升工程单位、国家区域中医(风湿病科)诊疗中心、国家高等学校学科创新引智计划(“111计划”)项目基地、广东省高水平医院“登峰计划”首批重点建设单位，设有器官衰竭防治国家重点实验室、慢性肾病国家临床医学研究中心，以及广东省肾脏病研究所、广东省肝脏疾病研究所、广东省创伤骨科研究所和南方消化病研究所。医院拥有国家级重点学科5个、国家级临床重点专科17个，国家临床重点专科建设项目1个，临床医学、口腔医学为一级学科博士学位授权点。拥有中科院院士1名、双聘院士7名，长江学者、国家杰青、国家优青、科技部中青年创新领军人才等国家级人才60余名。2006年，侯凡凡院士在慢性肾脏病防治研究成果发表在《新英格兰医学杂志》(NEJM)上，引起国际医学界高度关注，也实现了中国内地学者在该杂志上发表论著文章零的突破；2019年，李国新教授在腹腔镜微创胃癌治疗方面最新的研究成果发表在《美国医学会杂志》(JAMA)上，并被写入美国NCCN指南；2022年，张惠杰教授关于肥胖患者饮食干预的临床研究成果发表在《新英格兰医学杂志》(NEJM)上，是迄今为止我国代谢领域在该杂志发表的第一个临床干预原创性研究成果。医院曾先后获得国家科技进步二等奖10项、省部级一等奖35项；2022年医院获得国家自然科学基金资助169项，在全国医疗机构中名列第三。近年来，在国内权威医院排行榜中，医院稳居国内综合医院前15-20名，肾内科、感染科、整形科、血液科、病理科、消化科等10-15个专科进入全国前十或得到提名。