主要措施包括移植前组织配型、移植前后免疫抑制剂应用和移植后免疫监测等。首先应组织配型，应尽量选择HLA相配的供体，并进行群体反应性抗体检测，用于检测患者体内预存的HLA抗体，以及淋巴细胞毒交叉配型。其次可以进行预处理，包括血浆置换去除受体血液内预存的特异性抗体，利妥昔单抗清除B淋巴细胞和预防抗体介导的排斥反应，大剂量静脉注射免疫球蛋白中和抗体等。最后可以应用免疫抑制剂，能有效预防排斥反应发生。由于心脏移植恢复血流后即开始免疫应答，因此在术后早期免疫抑制剂用量较大，称为诱导阶段。随后可逐渐减量，达到维持量以预防急性排斥反应发生，称为维持阶段。一般情况下，免疫抑制剂需终身服用。