北京市第六医院中医科创建于1956年，经过多年的发展，现技术力量强大，拥有医护人员13人，其中博士1人，硕士6人。中华中医学会肾病专业委员会理事1人，中国中西医结合学会心血管病专业委员会双心疾病组副组长1人，北京中医药学会肾病、络病和心脑同治专业委员会委员1人，中华中医药学会血液病分会青年委员和中西医结合学会血液病分会青年委员1人，东城区及北京市125优秀人才1人。于2015年5月荣获北京市中医药管理局批准的北京市综合医院示范中医科称号，现为东城区重点专科建设单位。

科室设有慢性肾脏病、肝病、癫痫、焦虑抑郁状态、风湿病、糖尿病、糖尿病足、高血脂、冠心病、妇科、呼吸、消化系统疾病等专科门诊，为方便广大患者，体现中医的简、便、效的特色，中医科研制了咽炎 1号、2号、雾霾润肺方、清肝益肾明目茶等多种方便茶饮，和糖尿病足、下肢凉麻疼的外洗中药方。中医治疗室开设中药熏蒸、足浴、中频药物离子导入、脉冲短波等仪器，可调畅气血，疏通经脉，治疗气血不通所致的各种疼痛、骨关节疾病、下肢及全身麻木、手足畏寒及妇科炎症等。中医科北新桥二部开展刮痧、拔罐、耳豆治疗经脉不通所致肌肉关节疼痛，痛经、头痛、胸痹等疾病。