南通市肿瘤医院肿瘤外科筹建于1972年6月，1974年6月正式开诊，开诊初期由胸瘤科、普瘤科、麻醉科组成，1980年成立五官科，1988年麻醉组从外科划出，1998年五官科、口腔科合并成立头颈外科。

经过40余年的发展，南通市肿瘤医院外科目前下设胸外科、胃肠外科、肝胆外科、乳腺外科、头颈外科(口腔科)、泌尿外科等二级科室，均为南通市临床重点专科，其中，胸外科、胃肠外科、泌尿外科和头颈外科为南通市医学创新团队。

目前外科开设九个病区，开放床位400张，现有医师74人，其中主任医师13人，副主任医师24人，主治医师26人，硕士生导师5人，江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象2人，江苏省“六大人才高峰”高层次人才选拔培养对象2人，南通市“226高层次人才培养工程”培养对象9人，拥有博士学位8人、硕士学位30人，在读博士8人，多人在国家、省市级学术团体任职。

近年来，外科依靠“科教强科”策略，承担多项省、市级科研项目，发表SCI收录论文20余篇，多次获得省、市级科技进步奖及新技术引进奖。

多年来，科室紧跟技术前沿，将现代技术与外科理念及肿瘤学理念结合，全方位开展肿瘤微创手术，并在省内率先开展肿瘤多学科诊疗模式，取得良好的社会效益。