南京同仁医院眼科，是南京同仁医院优势学科。学科模式、设备配置以北京同仁医院眼科中心为模板规划和建设。自2007年10月开业以来，北京同仁医院派驻轮值的专家携手南京同仁医院的专业队伍成功为南京市、江苏省及周边地区眼科患者实施数千例手术。

南京同仁医院眼科目前拥有的设备有：TOPCON的非接触眼压计及全自动电脑验光仪和综合验光台、角膜内皮细胞镜、非接触眼压计，角膜地形图、角膜曲率、法国光太的A/B超、ZEISS视野计、海德堡的共焦激光视网膜断层扫描仪和视网膜/脉络膜联合造影系统、德国罗兰的眼电生理仪、哥白尼光学相干段测扫描OCT、澳大利亚YAG激光、法国光太的532激光和810纳米半导体激光。

南京同仁医院秉承北京同仁医院眼科“大眼科、细专科”的学科建设理念，科室下设白内障、青光眼、眼底病、眼外伤、角膜病、屈光中心等专业组，在眼底病、神经眼科、创伤眼科、屈光治疗、干眼症治疗以及眼鼻相关疾病、颌面外科与眼科等领域形成南京同仁特色。

目前开展手术项目：角膜移植手术、复杂性视网膜脱离手术、球内磁性及非磁性异物取出、各种白内障联合手术、眼底病激光治疗、眼球穿通伤缝合手术、眼眶内肿瘤摘除术、白内障超生乳化术、人工晶体植入术、各类青光眼手术、Lasik手术(激光原位角膜磨镶术)、复杂斜视矫正术、YAG激光(激光虹膜周切术/激光后囊切开术)。

南京同仁医院眼科将以北京同仁医院眼科雄厚的医疗资源、精湛的技术和良好的服务为依托，努力打造在华东地区有明显学科优势的眼科团队，将同仁眼科的百年品牌和优良传统发扬广大，为当地眼疾患者送去福音。