孩子半夜咳嗽有痰，药物的选择要根据病因而定，具体如下：
一、支原体感染：如果孩子伴有咳嗽，发病的初期为干咳，后期转为顽固性剧烈的咳嗽，无痰或伴有少量黏痰，出现明显疲乏、食欲不振的症状，考虑孩子是支原体感染，可以在医生的指导下服用阿奇霉素颗粒，改善孩子伴有咳嗽的症状。建议家长一定要遵医嘱，足量、足疗程的给孩子用药，不可擅自停药或更改剂量，否则本病容易复发。
二、过敏性鼻炎：如果孩子半夜咳嗽的同时伴有鼻塞、鼻涕多，平时孩子有爱揉鼻子、嗅觉减退的症状，考虑是过敏性鼻炎造成鼻腔分泌物增多，发生鼻后滴漏而引起的咳嗽。患者可以在医生的指导下服用抗过敏药物，比如西替利嗪、氯雷他定，或者布地奈德鼻腔喷雾剂，以改善鼻炎症状，从而改善半夜咳嗽的症状。