水银温度计可以测量不同部位的温度，在测量不同部位时，所需要的时间不同。
最常用的是测腋温，正确的测量方法是要先擦干腋窝，将体温计头端置于腋窝深处，上臂夹紧体温计，10分钟后取出读数。如果进行口腔温度测量，需将消毒后的体温计头端置于患者舌下，让其紧闭口唇，5分钟后取出读数，该方法不能用于婴幼儿及神志不清者。测量肛门温度时，让患者取侧卧位，肛门体温计头端涂抹适量润滑剂后，徐徐插入肛门内，达体温计长度的一半为止，5分钟后取出读数。
不同部位的温度正常值也不同，腋温正常值为36.0℃-37.0℃，口温正常值为36.3℃-37.2℃，肛温正常值为36.5℃-37.7℃。