肺结核瘤在诊断时容易与其他肺部疾病混淆，所以需要进行鉴别，在临床上，最有意义需要进行鉴别的是支气管肺癌，特别是周边型肺癌。
一般需要鉴别的病变还包括肺良性肿瘤，如纤维瘤、平滑肌瘤以及脂肪瘤等；还有肺炎性假瘤、肺脓肿、肺曲霉菌球、肺囊肿等。
主要鉴别的要点包括年龄、病程、症状以及痰细胞学检查、影像学检查，还有其他辅助检查。通过这些检查方法，可有效将肺结核瘤与其他肺部疾病进行区分。
例如肺癌患者痰中可找到瘤细胞，而结核瘤患者在痰中可发现抗酸菌。影像学检查显示肺癌阴影直径多大于3厘米，病灶边缘多有分叶以及毛刺，病灶密度均匀无钙化。而结核瘤病变直径不超过3厘米，病灶边缘常有舌状突，同时病灶内常有钙化或空洞，病灶周围有卫星灶。
尽管如此，临床上仍不乏术前未能鉴别清楚的病例，待术后病理检查方获得确切诊断。因此，在诊断肺结核瘤时需要充分考虑各种鉴别诊断，并结合患者的病史、症状、体征以及实验室检查结果进行综合判断。
参考资料：张志庸编著,胸部肿瘤240个怎么办,中国协和医科大学出版社,2000.01,第105页