脑发育不良的治疗方法主要有康复训练、药物治疗、物理治疗等，具体如下：
一、康复训练
脑发育不良患儿平时多进行对话训练、脑反射训练、肌肉活动训练，对于脑部功能和肌肉功能的恢复有较好的疗效。其次综合康复训练，如运动体育疗法，包括粗大运动、精细运动、平衡能力和协调能力训练；如爬行、有目的的指认鼻、训练抓物、持物、起坐、摇摆、扶行背靠墙、面朝墙、原地运动弯腰拾物、抬脚训练单脚独立原地起跳、行跑，都有利于小儿脑发不良的治疗。
二、药物治疗
1、B族维生素：B族维生素是人体内糖类、脂肪、蛋白质等代谢时不可缺少的物质，在新陈代谢、DNA修复已经神经系统中发挥重要作用。
2、三磷酸腺苷二钠：参与体内脂肪、蛋白质、糖、核酸以及核苷酸的代谢。当体内吸收、分泌、肌肉收缩及进行生化合成反应等需要能量时，三磷酸腺苷即分解成二磷酸腺苷及磷酸基，同时释放出能量。
3、脑活素：为多种小分子肽，能改善脑代谢，促进神经递质的合成。
4、神经生长因子：能加速受损神经细胞的修复。
三、物理治疗
1、超声波治疗：利用超声波的温热、理化及机械效应对脑部进行治疗，对中枢和外周神经同步进行无损伤治疗，对脑部的治疗和恢复均起到较好的作用。
2、氧离子治疗：所吸氧的浓度为85%-99%，血氧含量是常压下吸氧的数倍乃致数十倍，能有效地提高血氧张力，增加血氧含量，对于治疗缺氧导致的脑发育不良效果较好。
四、中医治疗
包括全身及局部按摩、针灸治疗等，治疗以健脑益聪，化瘀通络为原。以督脉及足少阳、足阳明经穴及夹脊穴为主。
五、细胞渗透修复疗法
属于一种细胞生物疗法。对于脑发育不全患者身体没有明显的影响。采用外周血骨髓，通过专用的细胞分离液、提取、纯化后的到临床治疗所需要的细胞；经过静点，注射或接入等方法将细胞输入患者体内，利用细胞具有自我复制和分化的功能来修复体内受损的神经元细胞，达到机体功能重建的目的。