骨囊肿需要与动脉瘤样骨囊肿、骨巨细胞瘤、非骨化纤维瘤、内生软骨瘤等疾病进行鉴别诊断。
1、动脉瘤样骨囊肿：好发于青少年，两者在X线片上具有相似性，但动脉瘤样骨囊肿多为偏心性生长，具有中度便蚀性，可以穿破骨皮质包壳，边缘轮廓不清，呈虫蚀样。典型x线表现为皮质膨胀呈气球，可见斑片状或点状钙化。穿刺压力测量可见囊液搏动，可抽出血性液体。
2、骨巨细胞瘤：高发于20-40岁成人患者，病变呈偏心、多房，膨胀性生长，高发于股骨远端与胫骨近端，与骨囊肿好发部位不同。骨巨细胞瘤可以形成软组织包块，与骨囊肿不同。
3、非骨化纤维瘤：发病年龄与骨囊肿相似，在10-20岁。多位于股骨远端，胫腓骨两端，巨大的病变可占据整个髓腔，此时需要注意与潜伏性单纯骨囊肿区别。
4、内生软骨瘤：多位于手、足等短管状骨，当发生在长骨干骺端时形态与骨囊肿相似，但是，密度高于骨囊肿。
5、骨结核：小儿骨结核常位于干骺端的近侧并可形成圆形骨破坏，多位于骨干骺端中央，但是局部常会有压痛。MRI可见周围骨髓内有水肿，T2像呈高信号表现。实验室检查有助于鉴别。
参考文献：李茂华、于国平、周勇、孔庆柱.实用骨科学[M].吉林科学技术出版社.2016.10