预防结膜吸吮线虫病的关键在于控制传染源、切断传播途径和保护易感染人群。
一、控制传染源
感染结膜吸吮线虫的犬、猫等家畜是主要传染源，因此应及时诊治这些动物的结膜吸吮线虫病。这样可以有效地减少传染源，降低疾病传播的风险。
二、切断传播途径
媒介果蝇是本虫的中间宿主，因此要切断其传播途径。具体措施包括定期给宠物进行检查和治疗；搞好环境卫生，尤其是及时清理腐败水果等垃圾，消除果蝇的孳生地；使用杀虫剂等方法。以有效地减少果蝇的数量，从而降低传播风险。
三、保护易感染人群
对于易感染人群，需要注意个人卫生和环境卫生。例如不在室外睡觉，避免接触可能带有果蝇的物体等。此外，在接触动物或处理动物粪便时，应佩戴手套和口罩等防护用品。
参考资料：卢致民，李凤铭.临床寄生虫学检验[M].华中科技大学出版社.2013.08