食管囊肿一般需要与纵隔淋巴结、纵隔淋巴瘤、淋巴结结核，还有支气管囊肿进行鉴别，其诊断和治疗需要专业的医生进行。
1、纵隔淋巴结：前肠性囊肿体积一般不大，通常可以结合患者是否存在肿瘤史、典型的增强CT表现，鉴别这两种疾病。
2、纵隔淋巴瘤：此病一般会呈现多发、广泛融合的纵隔内肿块影，发病时大部分患者会存在全身浅表淋巴结肿大、没力气等消耗症状，这些症状可以帮助鉴别两者。
3、淋巴结结核：也是一种需要鉴别的疾病。淋巴结结核患者一般会出现没力气、午后低热、咯血等异常现象，完善影像学检查后，一般会显示部分淋巴结钙化，抗结核治疗有效，这些特征可以帮助与食管囊肿进行鉴别。
4、支气管囊肿：可处于纵隔内任何位置，但多数情况下病灶是在气管支气管周围。在病理上，支气管囊肿囊壁内壁衬有假复层纤毛柱状上皮，囊壁可有钙化，这些特征可以帮助与食管囊肿进行鉴别。
参考资料：陈骏,高禹舜主编,纵隔肿瘤临床多学科综合诊断与鉴别诊断,辽宁科学技术出版社,2016.09