一般不建议藿香正气和小柴胡颗粒同时服用，小柴胡颗粒治疗的是少阳证，功效是解表清热、疏肝和胃，治疗感冒。在临床上，患者出现胸胁疼痛、忽冷忽热、呕吐、心烦、咽喉干燥、口苦、恶心等症状时，可以使用小柴胡颗粒进行治疗。
藿香正气丸的主要成分是藿香、陈皮、苍术、白芷、厚朴等，主要功效是解表化湿、理气和中，主要用于治疗由于外感风寒、内伤湿滞或者是夏季暑湿所导致的感冒，对于由于暑湿导致的腹泻、感冒疗效较好。
两者一个是解表清热的药物，一个是解表化湿、理气和中的药物，主要治疗和功效有所区别，故不建议一起吃，需要由专业的医生进行指导之后使用，不建议私自使用。