巧克力囊肿是子宫内膜异位的一种疾病，根治办法通常是手术治疗，但由于容易复发，所以在术后还需要用药控制。
药物一般包括GnRHa类药物，遵医嘱用药3-6个月，再去用其他药物控制，包括口服复方短效口服避孕药，或者是地屈孕酮、地诺孕素。
多数情况下，巧克力囊肿不仅仅是单一囊肿，同时还伴随着盆腔子宫内膜异位症，此时都需要用药控制。
对于年轻人和年纪大的患者来说，治疗方法是不同的。囊肿不大，且是年轻人，可以通过口服、打针，或者是口服复方短效避孕药，缩小囊肿体积。同时伴随着不易怀孕的情况，可能需要采取手术治疗。