肠系膜血栓引起腹痛的特点，是主诉与查体不符的剧烈腹痛，是肠系膜血栓早期的经典表现，但不作为诊断标准，肠系膜血栓主要表现为急性肠系膜缺血。
最常见的症状是急性腹痛，剧烈的腹部疼痛是主诉与查体不符的剧烈腹痛，以肚脐周围突发绞痛开始，随着肠缺血、坏死程度的增加，肠鸣音减弱疼痛加剧，引起器质性心脏病，如房颤、感染性心内膜炎、心肌梗死。
胃肠道排空症状，伴有恶心、呕吐、腹泻等，肠系膜血栓常被定义为小肠部分血液供应突然中断引起的局部缺血、细胞受损、肠道病变，如果没有及时治疗，将迅速进展为危及生命的肠坏死，快速诊断和治疗对降低病死率至关重要。
在长久以来，肠系膜血栓诊断困难，且缺乏有效的治疗手段。急性肠系膜缺血分为急性肠系膜动脉栓塞、急性肠系膜血栓形成、急性非闭塞性的肠系膜缺血、肠系膜静脉血栓形成，该病漏诊会导致十分严重的后果。
临床上对无明确病因的急性腹痛患者，特别是合并有心血管方面疾病的老年人，应怀疑为肠系膜血栓，直至被排除。
房颤患者突发剧烈腹痛时，应考虑急性肠系膜动脉栓塞。动脉粥样硬化患者，特别是近期患有餐后综合征的患者，应考虑急性肠系膜血栓。高凝 状态患者，则应怀疑肠系膜静脉血栓，临床症状出现预期外恶化的危重患者，应考虑急性非闭塞性肠系膜缺血。