造成胎儿发生脊柱裂的原因主要和叶酸缺乏、基因遗传，或者是激素水平改变、妊娠期服用了特殊的药物，以及患有疾病等情况有关。
脊柱裂是一种特定类型的神经管畸形，主要是由于在胚胎早期神经管没有顺利完成闭合，而导致一部分神经管出现裂孔，是人类结构最常见的畸形之一，女孩更加多见。
1、缺乏叶酸：由于缺乏叶酸可以影响神经管闭合的进程，所以叶酸缺乏是造成脊柱裂最常见的原因。
2、基因遗传：与基因遗传也有密切关系，许多种类的基因表达就可以影响神经管的闭合。
3、激素水平改变：如果孕妇在怀孕早期绒毛膜促性腺激素分泌减少，或者是胚胎受体对于激素不敏感，可能会导致胎儿脊柱裂。
4、药物、疾病影响：妊娠期服用了特殊的药物、患有疾病等，也可以造成胎儿脊柱裂。