如果患者为细菌性结膜炎，局部点用左氧氟沙星，晚间涂用左氧氟沙星眼用凝胶，或红霉素眼膏，经过正规治疗，一般1周左右，炎症会得到明显好转及减轻。
如果患者为病毒感染的结膜炎，局部点用抗生素滴眼液，左氧氟沙星，不会对病毒感染起到较明显的治疗作用。除了局部点用抗生素滴眼液，如左氧氟沙星滴眼液，还应联合使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液，进行抗病毒治疗。
病毒感染的急性结膜炎，病程通常持续在2周左右，比细菌性结膜炎要长，其临床症状也较明显，如眼部异物感，眼部会分泌大量的浆液性分泌物。
当患者出现结膜炎时，一般情况下选择抗生素，左氧氟沙星、氧氟沙星、妥布霉素，联合抗病毒药物，阿昔洛韦、更昔洛韦局部点眼，晚间睡眠前局部涂抗生素，以及抗病毒眼膏，来缩短病程、加速痊愈。