如果扁桃体发炎治疗不及时、治疗不得当，会引起其他系统疾病，可以称为扁桃体病灶，能够引起关节炎、心肌炎、肾炎等免疫疾病，还有皮肤病等。
扁桃体炎是耳鼻喉科的常见病、多发病，在临床上引起扁桃体发炎的病因比较多，如感染因素、免疫因素、邻近部位的炎症的蔓延，还可以继发急性传染病。
对于其他系统，如关节炎、肾炎等，患者经过常规治疗，如果病情缓解不彻底，考虑患者有扁桃体炎的存在。
对于急性扁桃体炎的患者，可选择保守治疗，如选用敏感的抗生素，如青霉素类、头孢类，包括阿莫西林克拉维酸钾注射液、头孢呋辛钠、头孢唑林等进行正规的抗炎治疗，在缓解扁桃体炎症的同时，其他部位的炎性表现也可能会得到缓解。
但是往往好多患者因为扁桃体病变的存在，病变的恢复不太彻底，对于这类患者，在急性炎症消退以后，一般在炎症消退以后，可考虑切除扁桃体。