有萎缩性胃炎的患者可以补充维生素B12，萎缩性胃炎的患者可能会影响维生素B12的吸收。
维生素B12必须与胃的内因子相结合，并且在碱性肠液与胰蛋白酶的作用下才能被吸收。萎缩性胃炎可能导致内因子缺乏，导致维生素B12的吸收障碍，即使膳食中来源充足也会因维生素B12缺乏，会引起恶性贫血。
膳食维生素B12缺乏较少见，多数缺乏症是由于吸收不良引起，维生素B12缺乏的表现常有巨幼细胞贫血、神经系统损害和高同型半胱氨酸血症等。萎缩性胃炎多由幽门螺杆菌感染、药物、十二指肠-胃反流、酒精、自身免疫因素等引起。
萎缩性胃炎患者的血液中存在壁细胞抗体和内因子抗体，严重者因维生素B12缺乏会有恶性贫血的表现，属于自身免疫性胃炎，可能需要终身补充维生素B12。
膳食中维生素B12的来源主要是肉类、动物内脏、乳制品等，还可以遵医嘱肌内注射维生素B12注射液。