小肠是人体内吸收营养物质最重要的场所，还有内分泌功能，可以吸收多种营养物质，如水分、糖类等。
大部分的糖类，还有蛋白质的代谢产物，如氨基酸，或者脂肪的代谢产物，如脂肪酸、甘油，吸收的部位主要位于十二指肠或空肠。到达回肠的一部分维生素B12，可能主要在回肠吸收。小肠可以吸收葡萄糖、氨基酸、甘油、脂肪酸，以及无机盐，大部分的水分，还有维生素等。
小肠除吸收功能外，也具有内分泌功能，每天可以分泌1-3L的肠液，起到稀释营养物质，降低渗透压的作用。小肠可以分泌促进消化的物质，有利于营养物质的进一步吸收。
任何原因引起的小肠疾病，都可以导致小肠的吸收或消化功能下降，从而出现消化不良或营养素的缺乏，导致腹泻、腹痛。
腹泻通常是稀烂便，大便的次数或量都较多，可以导致维生素的缺乏和营养不良。此时需要查明小肠病变的病因，针对病因采取进一步的治疗，有可能会需要结合肠外营养，以改善营养状况。