肺炎衣原体感染临床需要与流感杆菌肺炎、军团杆菌肺炎、支原体肺炎、病毒性肺炎相鉴别，有助于明确诊断。
1、流感杆菌肺炎：多见于婴幼儿，特别是4岁以下儿童，偶见于新生儿及成人。常并发于流感病毒或葡萄球菌感染，通过痰培养进行确诊；
2、军团杆菌肺炎：患者常为亚急性起病，出现疲乏、无力、肌痛、畏寒、发热等症状。早期消化道症状明显，约半数有腹痛，多为水样便，神经症状亦较常见。X线显示片状肺泡浸润，继而肺实变，多数见于下叶，单侧或双侧。通过支气管抽吸物、胸液、支气管肺泡灌洗液的Giemsa染色，查见细胞内的军团杆菌；
3、支原体肺炎：通过血清学方法进行鉴别；
4、病毒性肺炎：通过病原学检查进行鉴别，包括病毒分离、血清学检查以及病毒抗原的检测。
参考资料：[1]林小田，周赤龙，孙剑主编,传染病诊治新概念,军事医学科学出版社,2010.09