洗必泰的副作用表现在会将牙齿染色、味苦、刺激黏膜。但很多实验表明洗必泰对人和动物毒性很低，用于口腔局部是安全的。除了抗菌斑与牙龈炎外，还可用于口内手术之后，预防根面龋及龈下冲洗。
1、将牙齿染色：使牙、修复体或舌背上发生染色，特别是树脂类修复体的周围和牙面龈1/3处，易染成棕黄色。染色沉积在牙表面，不透入牙内，可通过打磨、刷牙或其他机械方法去除；
2、味苦：洗必泰味苦，必须在其中加入调味剂；
3、刺激黏膜：对口腔黏膜有轻度的刺激作用。
参考资料：[1]胡德渝.口腔预防医学.第6版[M].北京.人民卫生出版社.2012.