唇腭裂是在胚胎发育中颌突融合的关键时期出现障碍所形成的，其病因如下：
一、遗传因素：
唇腭裂是一种多基因遗传疾病，具有明显的家族遗传倾向。
二、环境因素：
1、母体疾病与外伤：妊娠早期母体受到外伤或疾病的影响，有可能使胎儿产生唇腭裂畸形。但直至目前，对此因素尚无统一的认识。
2、营养因素：母体营养的摄入尤其是维生素的摄入不足有可能导致唇腭裂的产生。动物试验结果表明，母体缺乏叶酸和核黄素可产生腭裂。
3、化学及药物因素：某些化学物质和药物有可能导致腭裂的产生。
4、内分泌因素：有研究表明外源性肾上腺皮质激素的注射可以导致动物腭裂的产生，故而有人认为在人体妊娠早期，由于外伤或精神等因素导致的肾上腺皮质激素分泌增加，也有可能导致唇腭裂的产生。
参考资料：[1]傅民魁,林久祥.口腔正畸学.第2版[M].北京.北京大学医学出版社.2014.