脑干的运动神经核包括一般躯体运动核、特殊内脏运动核和一般内脏运动核，其位置如下：
1、一般躯体运动核：4对，相当于脊髓前角运动核，自上而下依次为动眼神经核、滑车神经核、展神经核和舌下神经核，紧靠中线两侧分布。它们发出一般躯体运动纤维，支配由肌节衍化的眼外肌和舌肌的随意运动。
2、特殊内脏运动核：4对，位于一般躯体运动核腹外侧的网状结构内。自上而下依次为三叉神经运动核、面神经核、疑核和副神经核。它们发出特殊内脏运动纤维，支配由鳃弓衍化而成的表情肌、咀嚼肌、咽喉肌以及胸锁乳突肌和斜方肌的随意运动。因为在种系发生上，鳃弓与属于内脏的呼吸等功能有关，故将鳃弓衍化的骨骼肌视为“内脏”。
3、一般内脏运动核：4对，相当于脊髓的副交感神经核。包括动眼神经副核、上泌涎核、下泌诞核和迷走神经背核。它们发出一般内脏运动纤维，支配头颈、胸、腹部平滑肌运动、心肌收缩及腺体的分泌。