淋巴结是结构最完备的外周免疫器官，广泛分布于全身非黏膜部位的淋巴通道汇集处。其功能如下：
1、T细胞和B细胞定居的场所。淋巴结是成熟T细胞和B细胞的主要定居部位。其中，T细胞约占淋巴结内淋巴细胞总数的75%，B细胞约占25%。
2、免疫应答场所。淋巴结是淋巴细胞接受抗原刺激、发生适应性免疫应答的主要部位之一。
存在于组织中的游离抗原经淋巴液进入局部引流淋巴结，可被副皮质区内APC摄取，或抗原在组织中被APC摄取，随后APC迁移至副皮质区，将加工后的抗原肽提呈给T细胞，使其活化、增殖，分化为效应性Th细胞。通过T-B细胞的相互作用，B细胞在浅皮质区大量增殖形成生发中心，并分化为浆细胞。浆细胞一部分迁移至髓质区并分泌抗体其寿命较短，而大部分浆细胞则经输出淋巴管→胸导管→血循环，迁移至骨髓，长期、持续性产生高亲和力抗体，成为抗体的主要来源。效应T细胞除在淋巴结内发挥免疫效应外，也是经输出淋巴管→胸导管，进入血循环并分布于全身，发挥免疫效应。
3、过滤作用。淋巴结是淋巴液的有效过滤器。侵入机体的病原微生物、毒素或其他有害异物，通常随淋巴液进入局部引流淋巴结。淋巴液在淋巴窦中缓慢移动，有利于窦内M吞噬、杀伤病原微生物，清除抗原性异物，从而起到净化淋巴液、防止病原体扩散的作用。
4、参与淋巴细胞再循环。淋巴结副皮质区的HEV在淋巴细胞再循环中起重要作用。随血流而来的T细胞和B细胞穿过HEV，分别进入副皮质区和浅皮质区，再迁移至髓窦，经输出淋巴管汇入胸导管，最终经左锁骨下静脉返回血液循环。